Abriga documentação proveniente dos séculos XVIII, XIX e XX, que integra vários fundos documentais. Os de origem cartorária, os relacionados ao Aleijadinho, à Inconfidência Mineira, avulsos manuscritos, códices manuscritos e impressos, dentre outros. No que diz respeito à documentação privada, há o arquivo familiar do primeiro Barão de Camargos, político proeminente do período imperial. Gravuras, fotografias e jornais do século XIX também fazem parte do acervo.
Toda a documentação possui riquíssimo conteúdo para estudos históricos e sociais. O setor recebe pesquisadores de todo o país e também do exterior. Inúmeras teses de mestrado e doutorado, elaboradas a partir das pesquisas realizadas na instituição, integram o acervo bibliográfico do Museu da Inconfidência.
Informatizado pelo sistema Java EE, conta com cinco bases de dados, além de fichários, inventários e listagens. O setor se encarrega da descrição dos documentos, promove a sua preservação e realiza visitas técnicas, além de colaborar com pesquisas históricas.
O Arquivo Histórico está localizado na Casa Setecentista do Pilar, Anexo III do Museu da Inconfidência, à rua do Pilar, 76. As consultas são realizadas de terça a sexta, das 13h ás 17h, mediante agendamento prévio pelo telefone (31)3551-1378, com no mínimo 24h de antecedência, para verificação da disponibilidade do acervo. O acesso é irrestrito, desde que respeitadas as normas de segurança e preservação do seu patrimônio.
Musicologia
Com um acervo majoritariamente nacional, composto por documentos datados desde o final do século XVIII até o início do XX, o setor de Musicologia trabalha com manuscritos, impressos, obras didáticas e de conteúdo sacro e popular.
Foi criado em 1983, sob a coordenação do Prof. Dr. Régis Duprat, quando recebeu a Coleção Francisco Curt Lange de manuscritos musicais, resultado de pesquisas realizadas pelo musicólogo nas décadas de 1940 e 50, em diversas cidades mineiras. Na ocasião, houve ainda a incorporação de mais três coleções oriundas de Campanha, Ponte Nova e Pitangui, carentes de qualquer tratamento musicológico. Ao longo do tempo, três novas coleções foram incorporadas: a do Arquivo Público Mineiro e duas de famílias do município de Ouro Preto.
O setor desenvolve trabalhos de coleta, conservação, catalogação dos acervos do Museu da Inconfidência e de outras instituições, microfilmagem, pesquisa e transcrição de obras, além de promover a divulgação do patrimônio musical brasileiro. Lançou até agora sete livros entre catálogos, obras transcritas, anais de seminário e um CD.